世上没有绝对完美的宝石，碧玺也不例外。大自然在创造炫彩多姿的碧玺裸石时，没有忘记在宝石上留下印记，就像胎记一样，这些缺陷和瑕疵伴随着碧玺石经过漫长地质年代的洗礼，直到被人们发现和利用。
碧玺的瑕疵
提到缺陷，大部分人都会想到那些令宝石的美丽程度大打折扣的瑕疵，如碧玺戒指表面和内部的裂纹，内部含杂质和碧玺吊坠内部包裹体，也包括在后天的加工和佩戴过程中人为造成的抛光纹、刮痕、破损等等。
根据宝石生成的地质环境、化学成分、物理性质等因素，人们将宝石分成三个类别：
第一类是净度高的宝石，比如托帕石和黄水晶，这类宝石一般对净度的要求比较高，以肉眼完全见不到任何内含物和瑕疵为好;
第二类是通常有内含物的如碧玺，内含物肉眼也比较容易见到，对净度的要求不如第一类宝石那样高;
第三类宝石因为先天生成的环境恶劣，差不多全部有内含物，但即使有明显内含物的宝石也可以用来制作珠宝，人们普遍接受这类宝石的缺陷，因为这一类别中比较完美的宝石几乎没有，这类宝石典型的代表是祖母绿。
想起一句典故“金无足赤，人无完人”。一条美丽的碧玺项链，稍有瑕疵，其实正是这些缺陷和瑕疵让碧玺更加稀有、美丽或者成为鉴定过程中不可或缺的依据。
可能这就是所谓“缺陷产生美”吧。通过研究碧玺缺陷内部内含物的种类，形态，变化，宝石学家可以鉴别天然和人造碧玺，推断碧玺的原产地，确认是否经过人工优化处理等。
蓝碧玺和帕拉依巴碧玺
在碧玺家族中大家都知道最为尊贵的就是神奇的帕拉依巴碧玺。这种碧玺具有美丽的电光，呈现明亮闪耀的亮蓝色。因而随着这种碧玺的发现和闻名，一些蓝色的碧玺也悄悄地被人披上帕拉依巴的外衣。但事实上这两种之间是不能等同的。蓝色碧玺因为比较稀少所以制作的碧玺戒指 碧玺吊坠价格也比较贵，但是与帕拉依巴想比却差之甚远。
依照科学鉴定观点，碧玺石的成分中含有一定的铜元素，才可以算得上为帕拉依巴碧玺。(并不限于巴西帕拉依巴省出产的碧玺才可称为帕拉依巴碧玺)。专家认为帕拉伊巴铜元素是造成霓虹蓝(电光火石般发光)的原因，虽然铁元素也能造成霓虹蓝光，但是如果只有铁元素，权威机构还是不能开出“帕拉伊巴”证书。
而蓝色碧玺以前被叫做靛青碧玺，虽然它的颜色从淡紫色到蓝色，深蓝色，湖蓝色都有，但其矿石的内含元素并不是一定含铜元素。所以蓝色的碧玺纵然颜色明亮，内部质地洁净也不能说是帕拉依巴碧玺。蓝色碧玺因产量少颜色较为人喜爱，所以其市场价格也比较高!尤其是蓝碧玺手链， 碧玺项链更是珍贵!
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